Кения заема североизточната част на силноразчленената Източноафриканска разломна област - грабени, езера и вулкански конуси над 3000 m (вулканът Кения - 5199 m), която на изток стъпаловидно преминава в тясна крайбрежна низина. Брегът на страната е слаборазчленен и е с откоси. Климатът е субекваториален, със средна месечна температура 12-18° в планинските райони и 24-27° по крайбрежието. Валежите са 250-2000 мм годишно. Речната мрежа е слаборазвита. Главните реки са Тана и Галана. Главни езера са Туркана, Баринго, Магади, част от езерото Виктория. На запад и югозапад в страната са разположени савани, на североизток полупустини, а във високите части - вечнозелени влажни тропични гори. Животинският свят е богат. В Кения има 16 национални парка с площ 2,6 млн. хектара, 4 морски национални парка, 25 национални окръжни резервата (1,8 млн. ha) и др.

В Кения се намира националния резерват Масай Мара, както и над 50 други парка и резервата за опазване на фауната. Кения има разнообразна природа - гигантски планини, пустини, пясъчни плажове, хълмисти пасища.